一生物种系发生学软件获提速40倍

2019年01月15日   缅甸小勐拉   163人浏览   0人评论

  来自南开大学生命科学学院,信息技术学院,澳大利亚莫纳什大学的研究人员采用最新的GPU加速技术,优化了生物种系发生学领域最流行的软件工具MrBayes,得到了最高40多倍的加速效果。 这一研究成果公布在《生物信息学》杂志上。

  文章的通讯作者是南开大学信息技术科学学院副教授刘晓光,第一作者是2009级硕士研究生周剑夫,这一论文选题来自南开大学信息技术科学学院刘晓光、王刚课题组和该校生命科学学院卜文俊、谢强课题组的合作项目。

  近年来,随着生命科学的不断发展,人类可获得的基因数据已呈爆炸性增长,与此同时,如何分析和处理基因数据成为一项新的挑战。这篇题为“MrBayes on a Graphics Processing Unit”(基于图形处理器的MrBayes软件实现)的研究成果,历经了3年的研究,为种系发生学领域更大规模的数据处理提供了一种新的方法,取得了理想的效果。

  《生物信息学》杂志是生物信息学领域的顶级学术期刊,2008年影响因子为4.328的SCI一区刊物,这项研究采用最新的GPU加速技术,优化了生物种系发生学领域最流行的软件工具MrBayes,得到了最高40多倍的加速效果,为生物学研究数据处理提供了重要资料。

  另外来自中科院的研究小组也解析了如何分析和挖掘Genbank中的mtDNA数据,他们分析了GenBank数据库中一些问题较多的数据集,指出Pereira等人不加选择地利用数据库中的数据进行分析存在的多种问题。研究人员就GenBank数据库中问题较多的mtDNA全基因组数据开出了一个长长的名录,便于后续研究者在分析时剔除这些序列。同时,他们对研究者如何提高数据质量提出了若干建议,如向数据库提交序列之前,研究者应该对数据进行仔细的检查和精确的核对,避免错误出现。对存入数据库中的序列,如果发现错误,应该及时更正并更新。(来源:生物通)

标签:学生物的软件
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